Το Πυθαγόρειο, ένας μικρός παραθαλάσσιος οικισμός στη νοτιοανατολική πλευρά της ν.Σάμου, αποτελεί τον τρίτο σημαντικότερο οικισμό του νησιού. Η ιστορία του είναι μακραίωνη, καθώς η σημερινή πόλη βρίσκεται κτισμένη πάνω στην αρχαία Σάμο. Κατά την αρχαιότητα, γύρω στον 6ο π.Χ. αι., υπό την ηγεσία του τυράννου Πολυκράτη, η Σάμος γνώρισε τη μεγαλύτερη πνευματική και οικονομική άνθιση, με πιο σημαντική μορφή του πνεύματος το μαθηματικό και φιλόσοφο Πυθαγόρα. Από την περίοδο εκείνη σώζονται εντυπωσιακά έργα που σήμερα ανήκουν στα μνημεία της παγκόσμιας πολιτιστικής κληρονομιάς της UNESCO.
Ο σημερινός οικισμός, με ιδιαίτερο αρχιτεκτονικό χαρακτήρα γύρω από την περιοχή του λιμανιού, την πλατεία Ειρήνης, τον εμπορικό δρόμο της αγοράς και τα γραφικά στενάκια, προστατεύεται από το Υπουργείο Πολιτισμού ως ιστορικός τόπος και τόπος ιδιαιτέρου φυσικού κάλλους και αποτελεί ένα δημοφιλή τουριστικό προορισμό, καθώς συνδυάζει τη νεότερη πολιτιστική κληρονομιά με ένα ταξίδι στην ιστορία του.
Κατά την επίσκεψή σας στον οικισμό αξίζει να επισκεφτείτε το Αρχαιολογικό μουσείο και τα σημαντικά ευρήματα της αρχαίας πόλης, το ναό της Ήρας που αποτελεί το μεγαλύτερο δίπτερο ναό της αρχαιότητας και το Ευπαλίνειο όρυγμα, μια σήραγγα μήκους 1036 μ., που κατασκευάστηκε για την υδροδότηση της πόλης μέσα από το βουνό και προκαλεί ακόμη και σήμερα το θαυμασμό για την εξαιρετική ακρίβεια της διάνοιξής της.